主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池 起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。 第三池 主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
三格的比例 池和第二池的容积不同，对寄生虫卵沉淀的效果有一定影响。如果池的容积过小，粪便贮留的时间短，达不到粪便分解和沉淀的目的，粪便和虫卵可能进入第二池，不仪增加了第二池的负担，而且容易造成过粪管堵塞。
管道堵塞的原因 管道堵塞的原因非常复杂，总体上可分以下几种情形： 1、慢性堵塞：管道内流体物质经年累月地慢慢的附着在管道壁上使管道逐渐变细，管道自身和其他物质发生化学反应也逐渐变细，慢慢的管道就会堵塞了。 2、异物掉入造成的堵塞：这种情况容易理解，就是其他的东西掉进管道，使管道堵住了。 3、其它原因：管道堵塞的原因还有很多，而且往往是多种因素互相作用的结果，因此其维修方法不尽相同。