底部式过滤器：利用底砂砂层作为大体积的滤材(渗流滤层)，通过铺设在砂层下的进水管道网，经由沉水水泵抽水，达到物理过滤及生化过滤的目地(原理类似于沉水式过滤器)因滤体较大，所以维护间格时 间较长，但维护极为不便。效果不错，缺点是安装较麻烦，还有草缸无法使用，会照成底肥的严重流失。
气动式过滤：在此种过滤系统中比较有名的应该算是惠宏产的水妖精，原理是利用气举使水流入过滤体(生化棉、过滤棉)中，进行生物过滤过程。过滤效果还算可以，但是一般须要配合上滤等物理过滤系统使用。多用于小型的繁殖缸、孔雀、短鲷等较少量、小型的鱼缸内。
滴流与渗流： 滴流式过滤，这种过滤系统多用于溢流式过滤器或上部式滴流盒，其主要特征在于滤材大部份暴露天空气里，滤材主要以陶瓷环、生化球、过滤棉为过滤材质，进行生化过滤过程，过滤仓内有流动空气，但无物理过滤的功能。 渗流式过滤 ，滤材通常为滤棉、生化棉、底砂。主要的特征为滤材基本浸于水体之中，不与空气直接接触，起到物理过滤过程，但是在生化棉和底砂之间有较大的空隙，可为消化提供良好的生存环境，也有一定的生化过滤能力。这两种过滤系统的过滤效果都很好，但也有缺点，滴流过滤需要在鱼缸上部占较大的一块空间，也不美观。
鱼缸里的水会因鱼类的粪便、食物残渣、水草腐叶而受到污染。在人们想象中将水中看得见的悬浮物过滤掉，使水保持清澈透明就已达到目的，其实这仅仅只是过滤的初级功能，我们通常称之为机械过滤。现代的观赏鱼缸过滤应是同时具有机械过滤和生物过滤，有时还需要物理过滤。其中尤为重要的是生物过滤。所谓生物过滤，就是通过附着在滤材上的，将溶解在水中的有害物质分解或转化为无害物质。物理过滤则是利用某些材料特有的吸附功能使水净化。物理过滤只在特殊情况下短时间使用，如为了去除水中的剩余药剂等。