重要的是要有一套运行有效的生态过滤系统，其中包括机械过滤和生物过滤。通常的机械过滤只能去除固体污物，而溶于水中的还有大量的，如蛋白之类的有机物是无法滤清的，只有靠生物过滤系统才能完成。
过滤机的过滤能力要足够大。过滤机的过滤能力，都以升/小时来表示。要将水滤清，一般要求过滤量要达到4-7个过滤循环，具体讲，如果鱼缸的水是200升，就要配处800—1500升/小时的过滤机。
鱼只的数量和饵料的多少都要适度，鱼的蜜度过大，喂饵料过多，等于增加了污染量。
有时候我们会看到水面上有一层薄薄的膜状物。鱼友们俗称为“油膜”，这也是水垢的一种，它实际是水中析出的蛋白类有机物质。解决这层油膜有多种方式：
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1、一般采用溢流方式过滤的大型鱼缸，都会在水面处开一个溢流口，直接将油膜导入过滤系统中过滤分解。
2、采用上滤、瀑布等方式过滤的小缸，可以在水面添加一个入水口，直接吸取油膜，动手能力不强的的话，水族店里和淘宝网上有成品，叫除油膜器。但这种除油膜器不建议使用在过滤桶上，因为其可能导致过滤桶内吸入大量空气，干扰水泵正常工作，甚至烧泵。
3、太小的缸，或没有条件添加除油膜硬件，可以放一些“黑玛莉”，这种上层鱼，总是在水面上找食物，同时吞食油膜。也可以定期用一个小杯子压入水中，杯口贴近水面，让水面的水溢流到杯中，手工清除油膜。
养金鱼保持水质清纯至关重要，要经常用乳胶管吸除积渣，把玻璃缸底部的粪便、残饵连同混浊水吸干净，然后徐徐地补进已放置的新水。倘若操作过程中出现水草浮起或假山被碰倒等情况，要及时恢复原状。