会计制度及内部控制的分析与评价。向纳税人发出纳税人《会计制度和内部控制问卷调查表》，或向纳税人提问会计制度和内部控制的有关问题，分析评价纳税人会计制度及内部控制的有效性、完整性、准确性，为确立重点审计项目提供依据。
从审计目的来看，纳税审计的目的 是通过纳税报表监督纳税人执行税法，依法纳税，保证国家的税收收入，而财务审计则旨在判定财务报表是否公允地反映财务状况和经营状况，以及会计处理办法是否符合会计准则的要求。
纳税审计与纳税检查一样都是以有关的税收法规、制度等为依据，对纳税人履行纳税义务的情况进行审查。但二者相比较，纳税审计具有的特点主要表现在审计对象和审计主体上。从审计对象来看，纳税的对象包括纳税人纳税行为的审计，也包括征税行为的审计。纳税检查仅包括纳税行为检查。从审计主体来看，纳税审计的主体是独立的，公正的第三者。纳税检查的主体主要是税务机关，此外还包括纳税人内部的纳税检查。
纳税审计的主要任务有：检查被审单位的产品销售收入、纳税数额、税率利用、减税和免税等项目； 监督企业正确计算产品销售收入或计税价格； 对纳税进行鉴定，查明税率使用是否正确，计算应缴纳税金是否合理； 审查免税的审批手续是否正确，减税率是否合理； 督促被审企业遵照规定及时交纳税金，不得延误，等等。