预付款保函有效期银行长一般提供24个月担保时间，如果继续要提供履约保函，要再行申请，而且银行方面也会向接受履约保函方提出到期的公函。承包商履约担保的有效期是在合同中约定的。合同约定的有效截止时间一般为工程建设合同约定的工程竣工验收合格之日后30天至180天。
如果保函中未曾写明预付款保函的担保金额，将随保函归还金额而相应减少，则很可能出现预付款已大部分偿还，而保函额不减的局面，业主随时可能全额没收保函，而承包商却不拥有全额预付款（因为很可能在业主没收保函时，承包商已经偿还了部分预付款）。
预付款保函的另一个风险是保函的生效时间先于承包商收到的预付款，承包商在不知情的前提下，业主已经没收预付款保函而承包商未收到预付款。
还有一种可能的风险，就是预付款已经扣还完毕，而预付款保函没有及时撤销，让业主有机可乘，留下没收保函之机。
买方无时间办理索偿手续。对失效地点在卖方所在地的保函，当买方获知卖方未能在迟装船期内履行交货义务，此时保函时效也已到，由于地理位置的差异，买方已没有时间办理有关索偿手续。所以我们应要求保函有效期至合同迟装船期后几个工作日较妥。我们之所以强调是“工作日”主要考虑遇到节假日的情况。