国内信用证体现的是单款对流的方式，银行承兑汇票体现的是货款对流的方式。在国内信用证项下的商品交易，卖方是凭单交货，买方是凭单付款。卖方向承运人提供货物后获得运输单据(凭单交货)，再将全套单据(包括代表物权的单据如货物提单、商业发票等)交给银行，由银行办理托收(或向银行办理议付)，买方向通知行付款赎单(凭单付款)。而银行承兑汇票项下的商品交易通常采用的是一手交钱，一手交货的方式即买方向卖方交付票据(通过背书方式)，卖方验票后交货。
银行承兑汇票贴现时，受理银行虽然要求提供能够证明该银票项下的交易确已履行的凭证(包括与其直接前手之间的增值税发票和货运单据)，但贴现银行到期办理委托收款时不再需要附这些证明单据。实际上，只要保证汇票本身的真实性和背书连续，承兑银行就必须付款。实际工作中，大多数银行在办理银行承兑汇票贴现时，出于各种各样的原因，对增值税发票、运输单据的审查往往只是流于形式。因此，两者虽然都要求有贸易背景，相比之下国内信用证更加强调商品交易履行合同的真实性。
国内信用证可以根据买方，或者卖方的要求进行修改，往往是贸易双方对合同上的条款进行了修改，相应地对信用证上的条款也进行修改，甚至修改信用证金额，这就给交易双方带来了方便。而银行承兑汇票上的金额不能进行修改，也不能对部分金额进行背书转让，只能以此金额终办理结算。这也是一些客户将大额银行承兑汇票质押给银行，重新签开若干小额承兑汇票用于不同用途支付的主要原因。
通过对银行承兑汇票和国内信用证的比较可以看出，银行承兑汇票和国内信用证两者都是支付结算工具，都有短期融资功能，又各有特点。银行承兑汇票从转让流通、终付款方面显得比较灵活，而国内信用证将买卖双方合同中的彼此约束和货款支付紧密联系在一起，可以有效避免双方收款不发货、收货不付款的现象，从而保证合同的履行。