北大医院前身为北京医科专门学校附设诊察所，后陆续更名为北京医科大学校附属医院、北平大学医学院附属医院等。1946年，医院随北平大学医学院并入北京大学，由此得名“北大医院”。1952年，全国高等学校院系调整，北京大学医学院独立建院，设立北京医学院，后又更名为北京医科大学，医院随之先后更名为北京医学院附属医院、北京医学院第 一医院、北京医科大学第 一医院。2000年，北京大学与北京医科大学再次合并，医院随之更名为“北京大学第 一医院”。2008年，医院成为中央保健基地医院。
北京大学第 一医院设有20个教研室、18个住培基地、35个专培基地，现有博士学位授予二级学科24个、硕士学位授予二级学科24个，是国家临床教学培训示范中心、国家住院医师规范化培训示范基地。医院推动教学创新，以培养临床医学生胜任力为导向，开展器官系统整合的课程体系创新，PBL、模拟教学等教学方法创新，形成性评价、ePortfolio等评价模式创新。
不放弃每一个患者，资助经济困难患者。周福德曾多次创造奇迹，将不可能变为可能。2011年9月，来自山西的90后女大学生尚月梅住进北大医院肾脏内科病房，她被确诊为“抗肾小球基底膜病导致的急性肾衰竭”，主要的治 疗方式是血浆置换和血液透析。治 疗价格昂贵，小尚的家境很普通，家里仅有的五万元存款很快用完了，但后续的治 疗仍需高额的医药费用。在小尚“命悬一线”之际，周福德捐出2万元人民币及时的接续上了，还积极联系社会机构，协助募集医药费。在此后5个多月时间里，小尚共经历了13次血浆置换和72次血液透析。2012年2月20日，新华网以《90后重症女大学生病情好转 肾功能奇迹般部分恢复》为题报道了这个故事。随后，她的肾功能获得部分恢复，暂时脱离透析治 疗，完成了大学学业，并在2022年的世界肾脏日当天做了肾移植手术，重获新生，创造了生命的奇迹。
北京大学第 一医院依托国家高水平医院临床研究和成果转化能力试点项目，搭建生物样本库、研究型病房、交叉研究平台、大数据AI平台等，形成基础研究、转化研究、临床研究为一体的创新平台。在2022年度中国医院医院科技量值（STEM）排行榜中位列第14位，其中1个学科排名全国第 一，6个学科排名前十、9个学科排名前二十。近五年来，获批国家、省部市、校级和横向课题，以及临床试验合计2300余项，经费约16亿元，其中纵向课题超9亿元。累计发表论文6000余篇，SCI（即《科学引文索引》）收录论文3000余篇，其中部分发表在包括《Nature》、《New Engl J Med》、《JAMA》、《BMJ》等国际期刊上。获国家、教育部、北京市、中华医学会等科技成果奖70项，其中国家及部委级奖项12项。