北大医院前身为北京医科专门学校附设诊察所，后陆续更名为北京医科大学校附属医院、北平大学医学院附属医院等。1946年，医院随北平大学医学院并入北京大学，由此得名“北大医院”。1952年，全国高等学校院系调整，北京大学医学院独立建院，设立北京医学院，后又更名为北京医科大学，医院随之先后更名为北京医学院附属医院、北京医学院第 一医院、北京医科大学第 一医院。2000年，北京大学与北京医科大学再次合并，医院随之更名为“北京大学第 一医院”。2008年，医院成为中央保健基地医院。
2022年度中国医院声誉排行榜中，1个学科位列全国第 一，5个学科排名前五、9个学科排名前十。在领军人才建设方面，拥有中国工程院院士1人、国家自然科学基金创新群体1人、万人计划领军人才/团队6人、国家自然科学基金杰出青年基金获得者10人、长江学者特聘/特岗教授5人、教育部创新团队2人、科技部领军人才/团队6人，其他国 家级高层次人才13人、北京市高层次人才31人。
北京大学第 一医院设有20个教研室、18个住培基地、35个专培基地，现有博士学位授予二级学科24个、硕士学位授予二级学科24个，是国家临床教学培训示范中心、国家住院医师规范化培训示范基地。医院推动教学创新，以培养临床医学生胜任力为导向，开展器官系统整合的课程体系创新，PBL、模拟教学等教学方法创新，形成性评价、ePortfolio等评价模式创新。
目前，全球约有8.5亿人因各种原因患慢性肾脏病，面对如此庞大的肾脏病患者数量，只有我们人人了解肾病，关注肾病，才能为自己和别人营造更好的生活，才能保障“全民肾脏健康”。