北京同仁医院拥有教育部重点实验室1个，工信部重点实验室1个，北京市重点实验室5个;工程研究中心1个，省部级工程研究中心4个;省部级国家科技合作基地2个，北京实验室1个。医院是全国防盲技术指导组和防聋治聋技术指导组组长单位，设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，作为国际眼库协会会员单位，设有北京同仁眼库。
在临床相关研究方面，北京同仁医院眼底科开展了增生性玻璃体视网膜病变发病机制的研究，视网膜下人工假体植入技术及组织相容性研究，高度近视眼致病基因定位及蛋白质组学分析，黄斑营养不良的致病基因定位研究，年龄相关性黄斑变性发病危险因素和早期干预研究，以及眼病的流行病学研究等。持续不断的获得了多项及省部级课题经费的支持。发表了系列高质量研究论文，形成了同仁品牌效应和国际影响力。
教学方面：培养了多名硕士研究生并指导了上百名住院医，进修医，主治医及副主任医师的临床工作。科研成果: 以第 一作者和通讯作者的身份在核心期刊上发表论文30多篇，其中SCI文章4篇。参编论著6部。申请了北京市及科委的基金2项，已顺利结题。实用新型专利2项。
眼底外科主要针对眼底疾病进行诊疗，包括但不限于视网膜疾病、黄斑病变、青光眼等。这些疾病在眼底外科中都有专门的诊疗方法，包括治 疗、激光治 疗、手术治 疗等。如视网膜脱离通常需要进行手术治 疗，而黄斑病变可能需要或者激光治 疗，青光眼则可能需要、激光或者手术治 疗。眼底外科是关注眼底疾病的专科，对于这些疾病的诊治都有专门的方法和手段。