免疫科在医院也叫做风湿免疫科，在临床上主要看自身免疫性疾病和风湿性疾病。常见的疾病比如类风湿关节炎、风湿病、系统性红斑狼疮、干燥综合征、皮肌炎、硬皮病、未分化结缔组织病、多发性肌炎、强直性脊柱炎、痛风以及骨质疏松症、大动脉炎、结节性多动脉炎、白塞氏病以及抗磷脂抗体综合征、纤维综合征、风湿性多等多种疾病。通常风湿免疫类疾病会导致全身多系统、多脏器受累，而且大多为慢性病程，是不能根治的疾病，只能通过来进行缓解。
医院现有重点学科9个，国家临床重点专科（军队）7个，全军医学专科研究所12个，国家、军队重点实验室5个，建成消化病、骨科、脑科、心血管病、皮肤病、整形等6个“院中院”。
医院于1958年实施国内首例体外循环心内直视手术，1960年成功救治面积96%、Ш度面积68%的重度患者，1986年实施世界首例十指离断再植术，1991年全国首创重组合异种骨移植术，1997年实施全国首例部分活体肝脏移植术，1999年实施全国首例部分活体小肠移植术，2006年实施世界第2例、国内首例“换脸”术，2007年实施世界首例异位辅助性活体肝移植术，2010年实施世界首例“两人异位”劈裂式肝移植手术，2012年实施亚洲首例血型不合亲缘性活体部分小肠移植术，2013年实施世界首例转基因猪-藏酋猴异种异位脾窝辅助性肝部分移植术，2014年为一例高致敏尿毒症患者实施国内首例肾移植联合辅助性肝移植。医院在肢体严重战创伤系列救治技术、重型颅脑伤检测与救治技术、全胸腔镜下脊柱侧弯矫形手术、胃癌早期诊断防治续贯策略、心血管疾病介入诊疗技术、全胸腔镜下心脏手术等方面形成特色优势，先后创造了20余项国内外“首创”、“”、“之”技术。国家开展的心、肝、肺、肾4项大器官移植项目，医院全部获资格准入。
医院科研实力强，2008年以来，获国家科技进步一等奖3项、二等奖3项，军队科技进步一等奖2项，军队医疗成果一等奖7项，陕西省科学进步一等奖10项。SCI论文数1784篇，被引用篇数、引用次数和表现不俗论文数量均排名全国医疗机构第二，新增国家临床研究中心、国家自然科学基金委创新研究群体、科技部重点领域创新团队、教育部创新团队、全军科技创新群体各1个，2010年至2014年国科金项目数连续五年破百，项目数和经费数均排名全国医院前茅。2012年，医院科技创新、机制创新、文化创新“三个创新”管理经验转发全国、全军卫生系统，人民日报、解放军报、光明日报、科技日报、健康报等五家中央媒体在头版头条进行深度报道。