中国医学科学院阜外医院始建于1956年，是一所集医疗、科研、预防和人才培养于一体的三级甲等专科医院，是北京市医保定点单位。
2021年8月，中国医学科学院阜外医院实验诊断中心被评选为第20届全国青年文明号。
2021年11月20日，入选2020年度中国医院综合排行榜。2021年12月3日，门头沟区政府与中国医学科学院阜外医院签署战略合作框架协议，共同推动首批国家医学中心阜外西山院区落地门头沟。
医院总用地面积5.53万平方米，总建筑面积15.7万平方米；预防研究区（门头沟西山园区）总用地面积7.33万平方米，总建筑面积目前为3.7万平方米，未来将达到9.2万平方米。医院设有36个病房，26个手术室（其中包含5个复合技术手术室），17个导管室，1521张编制床位数，实际开放床位数1291张。在职员工3571人，中高级职称专业技术人员1440人（数据截至2020年12月31日）。同时，配备有血管造影机、双源CT、核磁共振、PET-CT等与世界接轨的医疗科研设备。
世界上规模的心血管疾病诊治中心
伴随2006年阜外医院内科介入诊疗总量首次破万、2011年外科手术总量首次破万，阜外医院成为世界范围内内、外科手术量均突破万例的特大心血管疾病诊疗中心。
2023年全年门诊942966人次，急诊46470人次，急诊危重症抢救19529人次；出院85842人次，床位周转65.44次，床位使用率98.87%，平均住院日5.47天，死亡率0.15%。住院外科手术18874人次，内科介入手术56223例、射频消融9559例、起搏器植入术2063例。在医疗服务数量持续增长的同时，患者平均住院日、手术死亡率、出院患者死亡率等多项医疗质量评价指标优异。阜外医院在国家三级公立医院绩效考核（其他专科手术组）中连续五年排名，继续保持专科医院等级A等，CMI值（代表收治病例疑难复杂度的病例组合指数）连续五年排名。
加强心血管防治新体系建设
阜外医院始终以“心血管病高危人群早期筛查与综合干预项目”“国家基层高血压管理防治管理项目”“三高（高血压、高血糖、高脂血症）共管项目”“中国居民心血管病及其危险因素监测项目”四大国家项目为媒介，提升基层卫生服务能力。
心血管病高危人群早期筛查与综合干预项目自2014年启动，十年间累计筛查社区居民超过524.7万人次，检出心血管病高危对象146.4万人，并完成风险监测干预随访465.7万人次。