公司税务异常问题的处理是一个涉及多个环节和部门的过程。以下是根据税务部门和相关法规整理的详细处理指南：

一、识别税务异常

首先，公司需要明确税务异常的具体表现。常见的税务异常包括：

逾期未申报或未缴纳税款

税务报表填写错误

涉嫌偷税漏税

税务登记信息不准确等

一旦发现这些问题，公司应立即采取行动，防止情况进一步恶化。

二、内部自查与整改

在明确税务异常后，公司应立即开展内部自查。通过梳理公司财务数据、税务申报记录等资料，找出导致税务异常的具体原因。针对发现的问题，公司应制定整改计划，并在规定的时间内完成整改。整改过程中，公司应严格遵守相关法律法规，确保整改工作的合法性和有效性。

三、与税务机关沟通

在自查与整改的同时，公司应主动与税务机关取得联系，了解税务机关对公司税务异常的具体要求和整改建议。公司应积极配合税务机关的工作，如实提供相关资料和解释说明，争取税务机关的理解和支持。通过与税务机关的沟通，公司可以更加清晰地了解税务异常的原因和后果，为后续的整改工作提供有力支持。

四、提供税务异常情况说明

企业需要向税务部门提供税务异常情况说明，解释导致税务异常的具体原因，并提供解除税务非正常状态的正当理由。这是税务异常处理的前提和基础，有助于税务机关了解公司的实际情况并作出相应的处理决定。

五、税务部门审核及受理

办税服务厅接收申请材料后，会核对纳税人报送的材料是否齐全、是否符合法定形式。如果材料齐全且符合法定形式，税务部门将受理申请；如果材料不齐全或不符合法定形式，税务部门将驳回申请，并告知纳税人应补正的资料或不受理的原因。

六、相关部门调查核实

税务部门受理申请后，相关部门将对企业的税务异常情况进行调查核实，以确定税务异常的具体原因和性质。他们会通过查阅公司的账务资料、询问公司相关人员等方式，了解并确认税务异常的具体情况和原因。这一步是税务异常处理的关键环节，有助于确保处理的准确性和公正性。

七、补缴税款、滞纳金及罚款

对于逾期未申报或未缴纳的税款，公司应及时补缴并支付相应的滞纳金。在补缴税款时，公司应确保税款计算准确无误，避免出现新的税务异常。同时，如果税务异常问题涉及罚款，公司也应按照税务机关的要求及时缴纳罚款。

八、解除非正常税务状态

在公司完成补充申报、补缴税款、滞纳金及罚款等操作后，税务部门会解除公司的非正常税务状态。这意味着公司的税务异常问题已经得到解决，可以恢复正常的税务活动。