一、现行民营企业自建厂房涉税管理存在困难和主要问题
1.纳税意识淡薄，为了降低建造成本，偷逃税款。温州市龙湾区地处城市的城郊结合部，民营企业较大多数由家庭作坊工业发展而来，企业在建造厂房时，追求的是如何降低建造成本，承建单位大部分是个体施工队，而这些建筑安装企业因经济利益驱使，能不开的尽量不开，抱着侥幸心理，逃避税收管理；特别是承建一些小工程，工期短、变动频繁，等到税务机关发现并准备实施管理时，往往已结算完毕，溜之大吉，容易造成税款流失。
2.采用“包工不包料”方式，没足够申报营业额，偷逃税款。在日常检查中发现，很多企业在把厂房作固定资产入账时，相关的建筑安装的金额远远小于厂房的账面价值，什么原因?企业自行购置水泥、沙石、钢材等“三大材”。施工单位工程结算价款中不包含甲供材料，仅就建筑劳务金额开具并申报营业税，偷逃了材料部分的营业税。如某企业厂房总投资为120万元，但施工单位实际开票额仅为29万元。根据《中华人民共和国营业税暂行条例》规定，“纳税人从事建筑安装业务，无论与对方如何结算，其营业额均包括工程所用材料及其他物资和动力价款在内”。施工单位仅就劳务收入申报建筑环节的营业税，造成了税款的严重流失。
3.违章建筑行为的存在和建设项目信息的不对称给税收征管带来难度。在城郊结合部的温州龙湾区，由于规划、建设和国土部门对建筑行业管理的不够完善，未批先建和超建扩建现象十分普遍，对于这些违章建筑物的存在是否采取强制拆除或补办手续进行行政处罚，还没定论，因此对这些违章建筑征收建筑环节营业税仍存在争议；另外，由于税务部门和规划、建设等部门没有建立起有效的建设项目信息传递制度，使得部分建设项目没有纳入税收管理范围，存在着征管上的漏洞。
4.税务机关对厂房建设项目税收征管不到位。一是税务机关对厂房建设项目没有形成一套管理机制。由于民营企业建造厂房不须经过招投标程序，税务部门很难掌握其厂房的总投资额。民营企业厂房竣工后往往以远远低于实际造价的估价或虚假价格结转，没有一套规范的、完整的、 科学 的管理制度；二是税务宣传与辅导不够深入和票据管理不够规范。对以前建造的厂房没有 历史 原值的，往往以中介机构出具的评估价入帐，没有意识到在建造时是否取得了合法凭证，见票付款的管理不到位，这让一些不自觉纳税者有空可钻；三是有些税务干部专业知识偏低，难以胜任对厂房建造项目的精细化税收征收管理。
二、对民营企业厂房建造项目涉税管理存在问题的对策
1.加强税法宣传，提高纳税意识。针对施工队和建设单位对税法知识的缺乏和误解，经营用房入帐时，必须凭建筑安装专用等合法有效凭证，否则不予以计提折旧和税前列支；其次，阐明管理办法中付款方的 法律 责任，强调付款方有义务取得，对施工单位承建的项目，必须凭正式票据收取工程款，对承建的项目必须包含甲供材料，全额开具；三是针对“包工不包料”工程，明确纳税人应申报的营业额为工程的总造价，包括工程所用材料及其他物资和动力的价款。加强税法宣传和税前辅导来进一步提高纳税人的纳税意识，增强建设单位的自我保护意识，使他们主动向承建单位索取足额的建筑安装，这将大大地减轻了厂房建设项目的税收征管难度。
2.建立执行项目管理信息传递制度，加强源头控管。加大与当地建设局等部门互通信息的传递工作是提高建设项目税收管理的重要举措。随着今后建筑行业的进一步规范，建设项目基本上要通过建设主管部门报批、备案，定期采集己纳入建设主管部门控管的建设项目的建设信息，建立厂房建设项目动态信息库，实行厂房建设项目台帐式管理。一方面，对于己竣工的建设项目要以票控税，对建设单位取得建筑安装专用情况进行认真核查，对以低于实际造价结转固定资产且财务核算不规范的 企业 ，税务部门可采取评估或核定的方式确定其厂房造价。对未取得合法凭证的，立即督促其办理；另一方面，对于在建尚未完工或者尚未办理工程结算的建设项目，执行项目管理制度。对民企新建厂房进行登记，并管理，督促其在建房过程中加强财务核算，明确有关纳税事项，督促建设单位见票付款，及时足额取得合法凭证。同时，争取与房产管理部门取得支持，在办理房屋产权证时，取得建筑安装专用为必备的条件之一，从源头上加以控管，堵塞税收流失漏洞。
3.建立定期巡查制度，加强建筑工程项目监控。在日常征管工作的同时，加强对辖区内厂房建设项目的实地调查，建立定期巡查制度。对建设方，及时搞好税法辅导，发放宣传资料。对施工方，开工时发送通知，明确有关要求和责任，定期巡查工地，对预收工程款不开税务的责令限改。对企业自建房、零星工程不招投标、不开票、难掌握的，运用纳税评估强化日常检查；根据建筑合同和项目台帐及平时巡查记录，对处于工程尾声，有工程尾款项目、工程长期不结清的项目实行回访检查，摸清工程总造价、已预付款金额、尾款金额及预付时间，督促其开票；对工程造价较大或税负较轻的，及时提交稽查局开展专项检查。
4.加强业务学习，不断提升征管水平。一要加强学习《中华人民共和国营业税暂行条例》和《中华人民共和国管理办法》相关内容，增加税务干部的税收 法律 法规知识，使税务干部在征收管理工作中能够规范化执法；二要掌握对工程造价审核，预决算书编制审核，建筑材料市价标准和工程完工进度测算方法等方面知识，在学习专业知识的基础上充实边缘学科知识，提高税务干部的综合征管能力；三要定期组织业务学习与案例分析会，针对民营企业厂房建设项目征管遇到的不同问题和情况进行分析和讨论，及时掌握税收新政策，提高地税征管效能。